사업자 등록 신청에 위계 서류가 제출됐어도 영업 중이면 사업자 등록 말소 불가
이 글은 2025년 기준, 영업을 계속하고 있는 사업자를 중심으로 부가가치세 사업자등록 말소 제도를 설명합니다. 세무서가 언제 등록을 말소할 수 있는지, 어떤 법적 한계가 있는지, 그리고 사업자가 어떤 방식으로 관련 규정을 준수해야 하는지를 정리합니다.
부가가치세 사업자등록 말소 기준과 실제 영업 여부
부가가치세 사업자등록 말소 여부는, 납세자가 실제로 사업 활동을 하고 있는지와 밀접하게 연결됩니다. 국내에서 사업자등록은 부가가치세 의무를 관리하기 위한 장치일 뿐, 임차권이나 점유권 같은 민사상 권리를 보장해 주는 수단은 아닙니다. 그래서 사업자가 여전히 거래를 하고 세금계산서를 발행하며 재화나 용역을 공급하고 있다면, 세무서가 등록을 쉽게 말소할 수는 없습니다.
심사기타2012-0015로 알려진 심판례에서도, 비록 전대차 계약에 임대인의 동의가 없었다 하더라도 실제로 영업을 하고 있는 전대사업자라면 사업자등록을 유지해야 한다고 보았습니다. 실무적으로는, 사업장 내에서 계속해서 실제 거래가 이루어지고 있다면 부가가치세 사업자등록 말소는 예외적인 조치에 해당하며, 말소를 하려면 사업이 실제로 종료되거나 사실상 종료 상태여야만 한다는 것이 현재 말소 규정입니다.
https://www.ulex.co.kr/tax/%EB%B6%80%EA%B0%80_%EC%8B%AC%EC%82%AC%EA%B8%B0%ED%83%8020120015-278381
왜 임대인 동의 분쟁은 주로 민사 문제인가
임차인이나 전대차인(전대인·재임차인 포함)이 건물주의 유효한 동의를 받았는지 여부는 본질적으로 민사 영역에 속하는 문제이고, 부가가치세 행정의 중심 쟁점은 아닙니다. 임대인은 전대차가 무효라고 주장하면서 퇴거를 요구할 수 있지만, 세무서의 역할은 “이 사람(사업자)이 과세 대상 사업을 실제로 영위하고 있는지, 그리고 세금계산서를 발급하고 신고해야 하는지”를 판단하는 데에 있습니다.
만약 임차인이 실제로 영업을 하고 있고, 부가가치세를 신고·납부하며 장부를 적정하게 기록하고 있다면, 세무 행정의 초점은 이 사업자가 과세대상 거래를 제대로 신고하는지에 맞춰집니다. 법원과 심판기관은 일관되게, 사업자등록이 임대차권을 부여하거나 임대차의 유효성을 보증하는 증서가 아니라는 점을 강조해 왔습니다.
따라서 퇴거, 손해배상, 전대차의 유효 여부와 같은 문제는 협상, 소송, 집행 절차(예: 명도소송, 연체 임대료에 대한 집행 등)를 통해 해결해야 하며, 세무 영역과 민사 영역을 구분하는 것이 계약 안정성과 부가가치세 제도의 중립성을 모두 지키는 데 도움이 됩니다.
2025년 부가가치세 제도 변화가 전대 사업장에 미치는 영향
2025년부터 여러 국가에서 부가가치세와 관련하여, 본임대인·임차인·전대차인 사이의 임대료 흐름과 세금계산서 발행 구조를 더 명확히 하려는 움직임이 강화되고 있습니다. 새로운 규정들은 “시스템에 등록된 과세주체”와 “실제 임대료를 받고 서비스를 제공하는 주체”를 최대한 일치시키는 데 초점을 둡니다. 이를 통해 실체 없는 명의상 사업자, 껍데기 등록, 세제 혜택만을 노린 전대차 구조 등을 줄이고자 하는 것입니다.
다만 이러한 개정들이, 과거 심판례에서 확인된 핵심 원칙—즉 실제로 사업을 영위하고 있고, 재화나 용역을 계속 공급하며 부가가치세 세금계산서를 발행하는 사업자에 대해서는, 단순한 임대차 서류상의 하자만으로 사업자등록을 말소해서는 안 된다는 원칙—을 뒤집는 것은 아닙니다. 오히려 정확한 계약서 작성, 세금계산서 발행 흐름의 명확화, 각 당사자의 적시 신고 의무를 강화하는 방향에 가깝고, 점유나 동의 여부에 관한 분쟁은 여전히 민사법의 영역에 맡기는 구조가 유지됩니다.
실효가 없는 2025년 개정 부가세법 위계에 의한 전대차 동의서 제출로 분쟁 중이라면?
2025년 기준으로 임차인의 입장에서 전대차 계약서가 위계에 의해 제출되었거나 사실과 다른 내용으로 사용된 경우라 하더라도, 그 사정만으로 상대방의 사업자등록이 곧바로 직권 말소되지는 않는다는 점을 전제로 대응 전략을 세울 필요가 있습니다. 부가가치세법상 사업자등록은 과세 행정을 위한 수단이므로, 실제로 재화나 용역을 공급하며 영업이 계속되고 있다면 세무당국은 임대차·전대차의 적법성이나 문서 제출 경위를 직접 판단하지 않습니다. 따라서 임차인으로서는 분쟁 상황에서도 세무 문제를 공격 수단으로 삼기보다, 상대방이 실질적으로 영업을 하고 있다는 점을 감안해 세무 영역과 민사 영역을 명확히 분리해 접근하는 것이 안전합니다. 즉, 상대방의 사업자등록 말소를 기대하기보다는, 임차권 침해나 무단 전대, 위계에 의한 계약 체결 문제를 중심으로 협상·명도소송·손해배상청구 등 민사 절차를 병행하는 것이 현실적인 대응입니다. 동시에, 향후 분쟁을 대비해 원임대차 계약서, 전대차 관련 자료, 보증금·차임 지급 내역 등을 체계적으로 정리해 두면, 위계 제출 문제를 민사적으로 다투는 데 있어 임차인에게 유리한 기반이 됩니다.
FAQ
Q1. 임대인이 전대차에 동의하지 않았다는 이유만으로 세무서가 제 부가가치세 사업자등록을 말소할 수 있나요?
A. 아니요. 원칙적으로, 실제로 사업을 영위하면서 부가가치세를 성실히 신고·납부하고 있다면, 단지 임대인의 동의가 없다는 이유만으로 등록을 말소하기는 어렵습니다. 사업자등록의 주된 목적은 과세 대상자를 식별하고 세금을 제대로 걷기 위한 것이지, 임대차계약의 유효 여부를 판단하기 위한 것이 아니기 때문입니다. 임대인 동의 여부와 같은 문제는 보통 협상이나 민사소송을 통해 해결되고, 세무서는 해당 사업자가 실제로 재화나 용역을 공급하고 있는지에 초점을 맞춥니다.
Q2. 부가가치세 사업자등록이 있으면, 그 사업장에 합법적으로 머물 권리가 있다는 뜻인가요?
A. 부가가치세 사업자등록은 임대차권이나 점유권을 증명해 주는 서류가 아닙니다. 단지 세무서가 “이 사람은 부가가치세를 부과·신고해야 할 사업자”라고 인정했다는 의미일 뿐입니다. 임대차계약 또는 전대차계약의 유효성은 계약 내용, 부동산 관련 법규, 임대인과의 합의 등에 따라 판단되며, 분쟁이 발생하면 세무공무원이 아니라 법원이 누구에게 점유권이 있는지를 결정하게 됩니다. 다만 영업이 계속되는 동안에는, 분쟁 중이라도 부가가치세 신고 의무가 남아 있을 수 있습니다.
Q3. 2025년 부가가치세 제도 변화는 실제 전대차인에게 어떤 영향을 주나요?
A. 2025년 개정의 주요 목표는 전대차 구조에서 누가 실제로 임대료를 받고, 누가 부동산 사용을 제공하며, 누가 세금계산서를 발행하는지 투명하게 드러나게 하는 데 있습니다. 성실하게 영업하는 사업자에게는 서류를 더 정확히 갖추고, 계약 내용과 실제 사용관계를 일치시키라는 요구가 강화되었다고 보는 편이 가깝습니다. 이 때문에 곧바로 사업자등록 말소 위험이 커진다고 보기는 어렵고, 여전히 “계속적이고 진정한 사업 활동이 존재한다면 등록은 유지되어야 한다”는 기본 원칙은 대부분의 경우에서 그대로 작동합니다.
결론적으로,
전대차 계약서가 위계에 의해 제출되었거나 사실과 다른 서류가 사용되었다는 사정이 있더라도, 그 상대방이 실제로 재화나 용역을 공급하며 영업을 계속하고 있는 한, 부가가치세법상 사업자등록 말소는 어렵습니다. 사업자등록 말소는 사업이 사실상 중단되었을 경우에 한해 적용되는 제도이기 때문입니다. 기존 심사례에서도 확인되듯이, 세무 행정은 영업의 실질 존재 여부를 기준으로 판단하고, 전대차의 적법성이나 계약 체결 과정에서의 위계·기망 문제는 세무당국의 판단 범위를 넘어 민사 절차를 통해 해결하도록 구조화되어 있습니다. 따라서 임차인으로서는 세무 제재에 기대어 분쟁을 단순화하려 하기보다는, 실제 영업이 이루어지고 있다는 점을 전제로 세무 영역은 분쟁과 분리해 바라보고, 계약서 제출 경위나 무단 전대 문제 등은 협상·명도소송·손해배상청구와 같은 민사적 수단으로 정리하는 이원적 대응 전략을 취하는 것이 2025년 이후 환경에서 가장 안전한 선택입니다.
